Besonders wichtig für die Ausgestaltung der Umweltschutz-Maßnahmen im Zuge der Verlegung des Bahnhofs Hamburg-Altona sind das Bundesnaturschutzgesetzes, der Umwelt-Leitfaden des Eisenbahn-Bundesamts (EBA) und weitere Gesetze und Richtlinien. Um sicher zu stellen, dass alle Umweltbelange berücksichtigt werden, wurde durch einen unabhängigen Gutachter zu Beginn des Bauvorhabens ein gesetzlich geregelter Umweltverträglichkeitsprüfungsbericht (UVP-Bericht) erstellt.
Darin sind die Auswirkungen der Bahnhofs-Verlegung auf Menschen, Tiere, ihre Umwelt und die Natur umfassend beschrieben und ausgewertet. Auf dieser Basis erarbeitete die Deutsche Bahn anschließend einen sogenannten Landschaftspflegerischen Begleitplan (LBP). Dieser enthält konkrete Kompensationsmaßnahmen zum Ausgleich der notwendigen Eingriffe, die durch die Verlegung des Bahnhofs Hamburg-Altona anfallen.